A partire dal 2012 Fondazione Clerici e il CSI hanno avviato una proficua collaborazione per rendere più interessante e coinvolgente per gli allievi l'attività di Educazione Fisica, che è parte del curricolo formativo sia dei percorsi di qualifica che di diploma professionale. La tradizionale ora di educazione fisica o motoria è entrata così a far parte di un progetto definito congiuntamente, che mira a far acquisire agli allievi non soltanto gli elementi di base della pratica sportiva, ma anche la consapevolezza dell'importanza dell'attività fisica e dello sport nella vita quotidiana di ciascun allievo.
 Il progetto si è sviluppato proponendo in particolare:

- Momenti di pratica sportiva vera e propria, privilegiando la proposta non soltanto degli sport più popolari e diffusi (come il calcio o il basket) ma anche i cosiddetti sport minori, di gruppo e individuali;
- Momenti di discussione e riflessione sul valore e sul significato dello sport, attraverso incontro con testimoni privilegiati e il loro racconto delle esperienze di vita e di sport. Le attività complementari alla pratica sportiva hanno riguardato le seguenti tematiche:

- gioco positivo/gioco negativo (nella Provincia di Milano);
- testimonianze di testimoni privilegiati sul significato dello sport nella vita;
- introduzione agli sport cosiddetti “minori”.

Si è puntato non soltanto all'acquisizione della disciplina e delle regole sportive, ma anche a far comprendere come lo sport può essere fonte e motivo di valorizzazione personale, di crescita, di fiducia in se stessi, di educazione alla vita.